Sur les zones amont des bassins versants, les pollutions sont plus rares que vers l'aval.
L'infiltration des eaux de surface (pluies = ruissellement) a une efficacité (%) qui reste fonction, à climat égal, des terrains (pente, porosité...), et fonction de l'intensité des précipitations: il faut des pluies "efficaces".
Les eaux souterraines (libres ou captives) ont bien pour origine une alimentation à partir des eaux de surface, même si par la suite il peut y avoir alimentation d'une nappe par une autre.
Un des problèmes bien connu de pollution est celui du aux épandages divers sur les sols. Le taux de nitrates (entre autres) de certaines nappes ne cesse d'augmenter, rendant certaines ressources non utilisables, ou utilisables moyennant un mélange avec une autre ressource de bonne qualité.
On peut aussi, dans son cas particulier et quand cela est possible, être amené à élever la charge hydraulique d'une nappe littorale, pour lutter contre l'invasion marine et repousser l'interface eau douce/eau salée.
Bon, faut se plonger dans le domaine de l'hydrogéologie, une des composants des sciences de la Terre.