La précipitation de la silice, qui forme le silex, profite souvent d'une cavité ou d'une structure plus poreuse pour se déposer (pousser) comme l'eau calcaire du robinet qui va se déposer lorsque la pression diminue (à sa sortie) ... pour faire simple.
Les silex se forment par exemple dans la cavité d'un oursin fossile jusqu'à le remplir et même dans certains cas en déborder.
Dans vos observations il est possible qu'un terrier ai servi d'amorce au dépôt de la silice mais cela peut aussi être une branche de corail ou une éponge dont la porosité fait le même effet. Le fossile, souvent en carbonates, pourra être dissout et disparaître au profit d'un trou.
Une observation fine de la paroi de la partie creuse peut aider à déterminer la provenance de celle-ci.