Coordonnées réduits des atomes des minéraux

[Eausport85]

Bonjour ,

je cherche les coordonnées réduits des atomes qui composent la biotite ? , y a t-il un site ou je pourrait les retrouver ??

@+

[Pachy]

Bonjour,

Tu peux les avoir sur

http://database.iem.ac.ru/mincryst

Suivre le chemin English... welcome... name and/or specification

Choisir B puis dans B une des 8 cartes de biotite

Choisir ensuite la position des atomes

Pachy

[Eausport85]

Merci beaucoup , mais j'essaye de comprendre le tableau

[Pachy]

Bonjour,

Tu peux éventuellement t'aider en utilisant l'option www-cryspic* qui te construit une vue spatiale de la molécule de base. Et que tu peux orienter à ta guise. Ceci nécessite cependant le chargement de petits programmes dont tu trouves les liens en page annexe à l'ouverture de l'option.

Pour les données du tableau, les positions sont données par les fractions par rapport à la longueur des trois valeurs de base a,b,c de la maille sur chaque axe.

Il faut, pour trouver tous les atomes, reproduire ces données par la symétrie.

Tu peux aussi rechercher le schéma dans un ouvrage de cristallographie...

Pachy

[Eausport85]

mais le problème c'est que j'aimerai crée ces représentations

[Pachy]

rebonjour,

Pour effectuer ces 'constructions', même en 3D, on utilise les programmes ATOMS (pour les structures atomiques) et SHAPE (pour les formes cristallines; pour ces dernières, également le programme FACE de georges Favreau, AFM, peut-être plus à portée de l'amateur)...

Pour les software de SHAPE, tu en trouveras les références sur http://www.shapesoftware.com

Ce sont des programmes professionnels assez onéreux...

Pachy

[nico_geol]

Coucou a vous :)

Merci Pachy pour ces informations . .. En logiciel pro il y a aussi CARINE , qui offre de bon resultats...

Mais nous somme partis sur une problematique un peu différente.

Nous nous interessons a la position de chaque atome dans la maille cristalline , et nous nous proposons d'en faire une représentation 3D en VRML ..

( c'est un langage objet descrptif, les atomes sont des spheres dont la taille est estimée d'apres les rayons ioniques des atomes )

Prenons l'exemple de notre biotite :

Le site référence la position de 11 atomes dans la maille monoclinique, ce n'est qu'une petite partie. Il faut donc une fois ce motif de 11 atomes créé, utiliser les symétries pour le reproduire dans l'integralité de la maille. Et nous en sommes la. On a déduit d'apres les données que l'on posede qu'il faut répéter 8 fois ce motif. 2 fois dans la direction b (y) et 4 fois dans la direction c (z) .. pour arrivé au résultat de Z=4 (4 fois la formule structurale dans la maille )

Probleme de géometrie dans l'espace : comment operer les symetries ???

Je me trompe peut etre mais je ferai bien un miroir pour le direction b et une translation simple dans la direction c mais je ne trouve pas les parametres ..

(Je ne sais pas si je peu publier les resultat en 3D , mais il suffit de les demander si vous voulez voir ! )

Voila j'ai tenté de mieu expliqué ou nous en somme en esperant trouver un petit peu d'aide :)

Merci a tous ..

[nico_geol]

Bon j'avoue Islem il faut que je revise ma nomenclature des classes de symetrie ! mdr ..

[Eausport85]

Bien expliqué Nico , en attendant l'aide de d'autre personne

[nico_geol]

UN PETIT DESSIN VAUT MIEU QU'UN LONG DISCOURS ...... Napoléon ...

[Eausport85]

maintenant le problème est bien expliquer , allleeeeeeee , ou vous êtes

[Eausport85]

maintenant le problème est bien expliquer , allleeeeeeee , ou vous etes

[nico_geol]

Apres une nuit intense de reflexion et de jeu avec les chiffres aucune solution miracle ne m'est apparue..

On retrouve bien notre motif dans la strucutre de la biotite.. c'est deja un bon début..

D'apres le commentaire de Pachy, je dois pouvoir trouver la position des autres atomes simplement a partir des positions donées dans le tableau en applicant des transformations mathématiques..

Mon esprit se perd entre le calcul et la géométrie dans l'espace..

Comment faire?

[nico_geol]

Bon je récapepète !

Le groupe d'espace est c 2/c

On a donc un centre de symetrie (centre du volume monoclinique),

Un axe de rotation inversion d'ordre 2 (le long de c),

et un plan de miroir a 1/2 de b

... sui bon ou j'my goure !

[Pachy]

Bonjour,

Il y a encore des données sur

http://staff.aist.go.jp/nomura-k/english/itscgallary-e.htm

(rechercher vers le bas du tableau la biotite, d'une part, et cliquer tant sur biotite -pour un schéma structurel- que sur monoclinic -pour les coordonnées)

Tu aura ainsi une idée des symétries au vu du schéma structurel.

Pour le reste du problème, je vais y penser cette nuit...

Pachy

[Eausport85]

Merci Pahy, je vais jeter un coup d'œil

[nico_geol]

Merci c'est en effet le shéma que j'ai en tete pour reflechir.. la structure TOT dans cette orientation la.. et les assemblage hexagonaux des tétraedres de sillicium vue de dessus (selon c ) ...

Pour les parametres de mailles , je vais continuer d'utiliser celles présente avec les coordonnées des atomes sur le site que tu nous a proposer..

Merci Pachy,j'espere que ta nuit t'a eclairé :)

[Pachy]

Rebonjour,

...Nettoyage...

Je ne sais pas comment, mais le message s'est affiché avant fin de rédaction;;;

Pachy

[Pachy]

Rebonjour,

Première réflexion. Je crois qu'il vaudrait mieux utiliser une poerspective un peu moins forte et dès lors moins déformante; et peut-être aussi s'en tenir à une perspective affine type 'cavalieri'.

L'usage d'atomes à l'échelle des rayons ioniques montre en quelque sorte l'occupation volumique fictive qui correspond aux liaisons chimiques. Mais a un ennui: la structure est très rapidement totalement cacahée par les atomers au premier plan. Peut-être serait-il préférable d'utiliser des atomes avec une taille à une échelle 1/5 ou 1/10 des rayons ioniques, ce qui apporterait plus de tranparence.

Mais aussi, d'autres schémas peuvent être obtenus avec une recherche sur Google ou Yahooh, recherche avec 'phyllosilicates structure'...

Pachy

(avec l'espoir que cela va passer correctement...)

[nico_geol]

En ce qui concerne la taille des atomes (d'oxygenes surtout) qui efface la structure je peu meme faire mieux tout en gardant cet esprit de conserver le rayon ionique.. je peu les rendre transparents :)

Euhhhh pardon Pachy mais j'ai rien compris a ton histoire de perspective :s , je travaille en 3D dans un repere orthonormé..

Tu me parle des parametres de la caméra?

:coucou!:

[Pachy]

Salut,

perspective.

Les deux premiers schémas montrent tous les deux des mailles élémentaires qui ont 4 côtés qui sont manifestement des fuyantes 'projectives' vers un point à l'infini. Et la perspective parait très forte, ici.

La perspective affine de Cavalieri utilise des fuyantes qui, pour une même 3e direction orthogonale au plan du dessin, sont parallèles entre elles. On utilise généralement un rapport 0,5 (certains préfèrent un peu plus) pour les distances selon cette troisième direction avec représentation parfois à 30 °, moins souvent à 45 °. La maille monoclinique complique un peu les choses mais le problème est gérable sans trop de complications.

On peut aussi utiliser une simple projection orthogonale du parallélipipède (dont certains angles droits ici) sur un plan de projection, mais cela nécessite une matrice de projection un peu plus délicate à calculer (vu la maille monoclinique).

Si tu n'as pas rencontré ces notions dans tes études, ce n'est malheureusement pas possible de faire tout un cours par message post...

Je reviens sur les symétries.

Avec les données de staff.aist.... classiques, sauf erreur, il y a un centre de symétrie (inversion), l'angle bêta non droit entre a et c donne un axe de symétrie d'ordre 2 perpendiculaire au plan ac, axe parallèle donc à b (simple rotation de 180°). Quant au plan de symétrie 'miroir' (perpendiculaire à b ), il correspond à la composition des deux premières symétries.

Pachy

Note: 1./ pas facile de répondre, ce qui prend un certain temps, mais provoque un refus d'édition...

2./ pourrais-tu préciser la correspondance couleur-nature chimique de l'atome (je ne distingue que 4 types différents, mais peut-être as-tu la même couleur pour Al et Si; et pour Mg et Fe??)

[nico_geol]

Merci pachy, alors pour la perspective en effet je dois pouvoir regler ca c'est bien un probleme de caméra..

.. en ce qui concerne les symetries , ca me convient parfaitement ..

Il ne me reste qu'a les appliquer.. et dans le bon ordre .. j'utilise MATLAB ( bien pratique avec les matrices) pour faire mes calculs..

Mais vu comme ca si je commence par opérer une rotation, puis la symetrie centrale , je doute remplir toute la maille..

je vais faire des essais..

Encore merci ..:)

.... oui alors en effet, mes Si et Al sont de la meme couleur.. (bleu turquoise)

tout comme les Mg et Fe (verts) sur la face z=0

[Eausport85]

C'est vrai Pachy , j'ai déjà fait ça

[Pachy]

Salut, Nico,

Les données te donnent i/8 de la maille élémentaire... Quand tu auras combiné toutes les symétries, elle sera, me semble-t-il, remplie...

Une autre réflexion. Il me semble que tu peux, dans l'ordre, travailler comme si la maille était cubique et d'arêtes 1, avec les données réduites, dans un premier temps (ce qui donne des matrices très simples).

Et da

Pachy

[Pachy]

Salut, Nico,

Les données te donnent i/8 de la maille élémentaire... Quand tu auras combiné toutes les symétries, elle sera, me semble-t-il, remplie...

Une autre réflexion. Il me semble que tu peux, dans l'ordre, travailler comme si la maille était cubique et d'arêtes 1, avec les données réduites, dans un premier temps (ce qui donne des matrices très simples).

Et da

Pachy