http://www.ac-reims.fr/datice/svt/docsacad...es/fossile2.jpg
En fait pour faire simple, la composition minérale du fossile dépendra surtout de son milieu de fossilisation...
Si l'océan est bien oxygéné, les conditions de fossilisation seront telles que l'aragonite du test de l'ammonite sera remplacée peu a peu, pas son homologue stable, la calcite. Globalement, l'ammonite gardera une composition calcaire.
Pour les fossiles en silex, les mécanismes complexes n'ont été mis au jour que très récemment (Pr Robasczynski, Université de Mons, à mon dernier souvenir). Les lits de silex présents dans les océans crétacés seraient les vestiges de terriers creusés dans le sédiments carbonatés, par des organismes utilisant la silice dans leur métabolisme. A leur mort, cette silice est libérée dans le milieu, et peut ensuite servir à remplir (sans finalisme dans mes propos) les tests des organismes vivant à proximité de ces terriers (oursins du Turonien par exemple).
Pour la pyrite, essaie d'imaginer une ammonite est morte dans l'océan à l'Albien. Cet océan est anoxique (pas d'oxygène) donc très réducteur. L'aragonite de la coquille sera altérée, les ions Ca++ avec d'autres passent en solution dans l'océan (toujours sans oxygène) et seront remplacés par d'autres disponibles dans l'océan, vers le squelette de la bebette, en l'occurence Fe2+ (fer ferreux), le souffre (S) pour donner ces belles ammonites pyriteuses.
Voilà quelques explications assez simplistes, mais qui j'espère t'aideront à comprendre ces processus (ensuite tu pourras aller voir les mots diagenèse, taphonomie, ...) pour le publique plus averti