A mon avis, les chardons, c'est pas un bon exemple. C'est comme les moustiques, les frelons, pestes végétales et autres bricoles qui se reproduisent dangereusement. Dans ce cas, oui, l'arrêté englobe tout le territoire
Dans le cas des fossiles, comme dit Nico, tu peux faire un trou chez-toi, par exemple pour faire une piscine. Qui va t'interdire de le faire car tu es susceptible d'y trouver des fossiles?
Dans la réserve géologique de Haute Provence, il y a des maisons qui se construisent avec creusement de fondations, etc