Quand on parle de flux, il y a la notion de "passage". On ne parle pas trop de flux quand on veut parler de dépôt ou d'érosion.
Pour la concentration en MES, le protocole est simple, un prélèvement d'eau (toujours bien noter l'heure du prélèvement en particulier pour les systèmes soumis à la marée ; et la profondeur, bon, dans ton cas, ça devrait aller pour ces deux points, la colonne d'eau doit être assez homogène avec des turbidités faibles) est est réalisé.
Un volume Vf est filtré (pour des systèmes peu turbides, il ne faut pas hésiter à filtrer une grande quantité, tu peux monter à du 1 voire 2 L. Pour filtre, il faut en prendre un avec des pores de très petites tailles (je n'ai plus les dimensions en tête mais ça permet de capter les argiles donc avec une taille inférieure à 4 µm). Au préalable, le filtre est séché et pesé, tu as une masse initiale Mi. Après filtration, le filtre est à nouveau séché et pesé, tu obtiens une nouvelle masse Vf. En faisant Vf-Vi, tu as ta masse de MES.
Connaissant ton volume filtré Vf et la masse de MES dedans, tu as donc mMES/Vf = [masse]/[volume]=[concentration] g/L
voila pour la mesure de la concentration, sinon, ces des appareils type sonde multi-paramètres, qui font de la mesure de la turbidité "optique" (qui est ensuite convertie en concentration par calibration). La mesure peut aussi être acoustique (une onde acoustique est réfléchie sur les particules et l'énergie rétrodiffusée est ensuite mesurée, en gros, plus c'est chargé en particule, plus le signal reçu est faible), et doit être calibrée. Mais ça revient à la fin au même, sauf que les sondes te permettent d'avoir beaucoup plus de données.
Dans le cas du lac (je ne connais pas du tout), effectivement, il faut faire une mesure en entrant et en sortant, cela te permet d'avoir un bilan (lac en comblement ou en vidange ou bien stable, après, rien ne dit que ce qui sort est identique à ce qui entre). après, l'hydrodynamisme doit diminuer dans le lac donc il y a probablement une décantation des particules après l'entrée dans le lac et donc des concentrations plus faibles.
Quant au substrat, il peut être le même, mais il peut être recouvert à l'entrée du lac par les particules qui se sont déposées (et former par exemple des vasière "subtidales", subtidales n'étant pas un terme adapté car pas soumis à la marée). A l'inverse, lorsque le lac se déverse dans le fleuve, l'hydrodynamisme augmente (on passe d'un lac large à un "tuyau" étroit faut bien que le courant accélère) et est susceptible aussi d'érodé le substrat apportant de nouvelles particules au fleuve. Donc peut-être pas de différence dans le substrat mais sur la couverture superficiel, pourquoi pas.