Sur Avignon, personnellement et ça date un peu, j'ai regretté le manque de cours en hydrogéologie appliquée au génie civil (rabattement de chantiers, effets barrages, etc.) et à la géothermie, bien que ça soit le fond de commerce de beaucoup d'hydrogéologue. J'ai regretté également le poids conséquent de l'hydrologie (eau de surface et balance hydrique des sols), alors que franchement pour un hydrogéologue ça a pas un intérêt monstrueux. Ce master devrait plutôt s'appeler hydrogéologie et hydrologie. Par ailleurs les cours sont désormais éclatés sur des campus assez distants, de ce que j'en sais, donc bien se renseigner. Mais sinon très bonne ambiance, et le contenu est précieusement travaillé par de nombreux intervenants externes ou non très compétents. On est aussi dans une région où les questions hydrogéol sont pertinentes, et un haut lieu de la karstologie avec la fontaine de vaucluse.
A Grenoble le master semble également réputé, manquerait éventuellement de l'hydrochimie (c'est un avis qu'on m'a donné il y a une dizaine d'années, ça a pu évoluer).
J'ai eu des mauvais retours sur Poitiers, avec des profs affichés dans l'encadrement pas souvent présents.
Ne pas oublier Paris et Montpellier (master réservoir et ISIM). Tous bien "côtés". Montpellier, pour y avoir fait ma 3ème et 4ème année, regorge d'excellents profs, certains sont des pontes.
Enfin je pense qu'il faut compléter toutes ces formations par des connaissances robustes et indispensables en SIG, FEFLOW et MODFLOW (interface gratuite modelmuse) ; ça ouvre de nombreuses portes. Avec les démos et les logiciels open source, et les nombreux tutoriels, il y a de quoi faire sans se ruiner. Je crains que peu de formations soient à la page sur ces aspects qui sont généralement survolés. Bien entendu on a pas le temps de tout faire, ça dépend aussi de son objectif perso :)
Bon courage !