réponse d'un amateur en attendant celle d'un géologue :
il faut voir en fonction du type de roche et de sa formation...
Peut être que s' il on prend de la lave en fusion, les élément seront mélangé de facon hommogène mais en fonction de certains critères (la pression, la température, temps,etc...) des élements vont cristalliser de manière tout aussi variable que ces critères, on obtient avec les même éléments chimiques des roches différentes issues de cette lave.
Ensuite de facon variable les roches vont se désagréger, on obtiendra des roches sédimentaires, des élément plus lourd comme l'or vont se concentrer dans le lit d'un torrent bientot asseché et recouvert d'autres sédiment...les couches sédimentaires de centaines de metres de profondeur vont se mettre à bouger suite au mouvement des plaques techtoniques, elles se fissurent. De l'eau sous haute température arrive dans les fissures en ayant uniquement dissou certains minéraux qui en fonction de certains critères vont cristalliser à des moments précis.
la cristallisation d'éléments peut permettre de retrouver une masse d'élément natif non mélangé de facon homogène dans la roche.
c'est un exemple simplifié parmis beaucoup d'autres d'un cycle geologique.