Un nikkoniste ! Houra !
Je connais bien les boitiers Nikon, j'ai pour ma part un D5100 et un D300S. Pour les macros j'utilise un Nikkor 60mm f/2.8 avec des bagues d'allonge pour les petits objets.
Pour augmenter la profondeur de champs, c'est bien ça il faut diminuer l'ouverture, c'est à dire aller vers des f/ plus grands (du genre 22, 26, 32). Mais par contre vu que tu fermes le diaphragmes, il y a beaucoup moins de lumière qui rentre, donc il faut augmenter la vitesse d'obturation (parfois dépasser la 1/2 seconde voire 1 seconde, d'où la nécessité du trépied).
Tu devras donc travailler en mode M (manuel total). La molette du pouce permet de régler la vitesse, et celle de l'index, l'ouverture. Tu trouveras le bon couple vitesse/obturation en faisant plusieurs tests. Ne monte pas trop en iso, mieux vaut augmenter la vitesse (moins de bruit).
Pour la mise au point, je te conseille de te mettre en manuel. Le D90 est le premier boitier a proposer le LiveView. Une fois activé, le bouton Loupe te permettra de zoomer pour affiner au maximum la mise au point (dans le cas des grandes ouvertures : f/2.8).
Dans les pauses longues, pour éviter le flou de bougé dû à la vibration du miroir ou à l'appui sur le déclencheur, tu peux activer le mode Temporisation miroir levé (intervalle d'une seconde entre le dégagement du miroir et la mise en exposition du capteur, mais je ne sais plus si le D90 intègre cette fonction). Sinon un petit retardateur de 2 secondes fera l'affaire
Tu peux aussi affiner le rendu des couleurs en réglant la balance des blancs (soit en utilisant un mode pré-paramétré, soit en étalonnant avec un papier blanc en conditions réelle de prise de ta photo).
N'hésite pas si t'as des questions.
Bonnes manip'